Möglicherweise kann die Konfiguration in der web.config Datei auf der neu angelegten Site nicht angewendet werden, weil die Konfiguration in einem übergeordneten Bereich (Parent Level) gesperrt ist. Exemplarisch hier im Beispiel für das Menü Handler Mappings.

Im IIS Manager den Server Knoten aktivieren und den Konfigurations Editor aufrufen. Im Bereich system.webServer die Einstellungen für handlers markieren und rechts um Aktionen Bereich Bereich entsperren (Unlock Section) klicken